Die Ultimative Software-Pakete CD-ROM fur Atari Collection 1996 & 1997

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Text File | 1996-09-18 | 16.5 KB | 438 lines

07201030305801 1Info Molekül 3DVersion 2.01 03/1987 2- # -(C) by ERPEH 9[....................................................]2 üëMoleküle3DInfo Ç AufderDiskettemußderOrdner"MOLEKUEL"mitfolgendenDateien vorhandensein: -MOLEKUEL.PRG(enthältdasProgramm) -MOLEKUEL.DAT(enthältdasProgrammlogo) -RADIEN.DAT(enthältAtom-,Ionen-undv.d.Waals-Radien) -FARBEN.DAT(enthälteineGrafikfürdieFarbabstimmung) -RGB.DAT(enthältDatenfürdieFarbabstimmung) NützlichsindnochdieFiles -DEMO.KOO(Demo-FilefürKoordinaten) -DEMO.BIN(Demo-FilefürBindungen) -DEMOx.PI2(DemografikfürhoheAuflösung) -DEMOx.PI1(DemografikfürmittlereAuflösung)  -TEST.KOO(Demo-FilefürdieLagederAchsenimRaum)  -TEST.BIN(zugehörigeBindungen) -INFO.DOC(DiesesInfoals1st-Word-File) -INFO.ASC(DiesesInfoalsASCII-File)  FürdieDarstellungderMolekülesindzweierleiInformationen notwendig: -AtomsymbolundX,YundZ-Koordinaten -VerbindungslistederAtome Eskönnenbiszu216Atomkoordinatenund216Bindungendefiniert werden.DieAnzahlderBilderfüreineBildfolgehängtvomfreien Speicherab.DervorhandeneSpeicherwirdvomProgrammfestge⑨ stelltunddiedarausresultierendemaximaleAnzahlanBildern ermittelt.ProBildwerdenca.19kBRAMbenötigt.Beieinem Speichervon1MBmitTOSimROMkönnenetwa40Bilderabgelegt werden.Manerhältabetwa30Bilderneinenrelativruckfreien Bewegungsablauf. DasProgrammarbeitetinderëhohenundmittlerenÇAuflösung! ë 0Programmstart Ç NachdemÖffnendesOrdners"MOLEKUEL"wirddasProgrammdurch Doppelklickauf"MOLEKUEL.PRG"gestartet.SolltenvomProgramm benötigteProgrammteilenichtimOrdnervorhandensein,bricht dasProgrammmiteinerentsprechendenMeldungabundkehrtzum Desktopzurück.ImanderenFallerhältmannachDrückeneiner MaustasteeineMenuezeile,aufdiewiegewohntzugegriffenwerden kann.ImunterenTeildesBildschirmsbefindensichInformationen überimSpeicherberfindlicheDaten.Außerdemwirdderfreie SpeicheraufderDisketteimArbeitslaufwerkangezeigt.Arbeits⑨ laufwerkistzunächstdasLaufwerk,vondemdasProgrammgestar⑨ tetwordenist.SolldasArbeitslaufwerkgewechseltwerden,kann diesdurchAnklickenderPfeilelinksbzw.rechtsvonder Laufwerksbezeichnunggeschehen.Grundsätzlichsind-zumindest fürdasBetriebssystemdesRechners-dieLaufwerkeA:undB: vorhanden.WirdbeinureinemtatsächlichangeschlossenemLauf⑨ werkB:angewählt,fordertdasSystemzumWechselderDiskette auf.AufalleanderenLaufwerke(RAM-Disk,Hard-Disketc.)kann dagegennurzugegriffenwerden,wenndieseauchangemeldetsind. DieAngabeüberdenfreienSpeicheraufeinerDiskettewirdnur dannautomatischaktualisiert,wenneinschreibenderDisketten⑨ zugriffstattgefundenhat.EineAktualisierung,z.B.nach Diskettenwechsel,kanndurchAnklickenaufdasFeld"Freier Speicher"erzwungenwerden.  ë1Daten 1.1Koordinateneditieren Ç DieEingabederKoordinatenerfolgtnachAnklickendesMenue⑨ punkts"KOORDINATENEDITIEREN".Mangelangtdadurchineinen Editor,derdieDateneingabeermöglicht.InderSpalte"Art"kann dasAtomsymboleingegebenwerden,indenSpaltenX,YundZdie Koordinaten.ZurEingabebewegtmandenMauszeigeraufdie gewünschteSpalteundZeileunddrücktdanndielinkeMaustaste. DerMauszeigerverschwindetunddieEingabekannerfolgen.Sie istmit"RETURN"zubeenden.DanachspringtdieEingabemarkeeine ZeilenachuntenundermöglichtdienächsteEingabe.Solldieser Vorgangbeendetwerden,soistdie"ESC"-Tastezudrücken.Der MauszeigerwirdwiedersichtbarundmankannnuneinanderesFeld aufdemBildschirmanklicken.DiePfeilenachobenbzw.nach untenbewirkeneinScrollingindieangegebeneRichtung.Der einzelnePfeilbewirkteinScrollingumeineZeile,derDoppel⑨ pfeilum15Zeilen.InderZeile"Molekül"kannderNamedes Molekülseingetragenwerden.ÜberdesFeld"Menue"kommtmanzum Hauptmenuezurück. ë1.2Bindungeneditieren ÇDieserMenuepunktermöglichtdieEingabebzw.Änderungder Bindungsliste.DieEingabeerfolgtanalogwieunter"Koordinaten editieren"beschrieben.NachderEingabeeinesAtom-Paareswird angezeigt,umwasfüreineBindungessichhandelt(z.B.C-C). AußerdemwirddieBindungslängeberechnetundausgegeben.Manhat somitdieMöglichkeit,seineEingabeaufRichtigkeitzuüberprü⑨ fenundggf.einezulangeoderzukurzeBindungzufinden. Außerdemwirdüberprüft,obdieangegebenenAtomeüberhaupt vorhandensind.Solltenz.B.37Atomkoordinatendefiniertsein undmangibteineBindungzwischenAtom34und38an,sowird diesalsBindungzwischen"34+0"angezeigt.Esistdaher notwendig,ëvorÇderEingabederBindungendieAtomkoordinatenzu ladenodereinzugeben. ë1.3Koordinaten/Bindungenspeichern ÇNacherfolgterEingabesolltendieDatengespeichertwerden.Dazu sinddiePunkte"KOORDINATENSPEICHERN"bzw."BINDUNGENSPEI⑨ CHERN"anzuwählen.FürdieKoordinatensolltederDateinamemit demBezeichner".KOO"bzw.fürdieBindungenmitdemBezeichner ".BIN"enden. ë1.4Koordinaten/Bindungenladen ÇHierzusinddiePunkte"KOORDINATENLADEN"bzw."BINDUNGENLADEN" anzuwählen.FürdieKoordinatenistderDateinamemitdem Bezeichner".KOO"bzw.fürdieBindungenmitdemBezeichner ".BIN"voreingestellt. ë1.5Koordinaten/Bindungenlöschen ÇDurchAnwahldiesesPunkteswerdenalleKoordinatenundBindungen imSpeichergelöscht. ë1.6Koordinaten/Bindungenmischen ÇDieserMenuepunktführtzurVereinigungzweierDateien.Sollen zumBeispielzweiMolekülemiteinanderaufdemBildschirm verglichenwerden,sokannmandiesfolgendermaßererreichen: zuerstwerdendieKoordinatenunddanachdieBindungendesersten Molekülsmit"Koordinatenladen"und"BindungenLaden"inden Speichergebracht.DanachwerdendieKoordinatendeszweiten Molekülsmit"Koordinatenmischen"geladen.Dadurchwirddie zweiteAtomlisteandieersteangehängt.Abschließendwirddie zweiteBindungslistemit"Bindungenmischen"geladen.Eskönnen sovieleMoleküle"gemischt"werdenwieSpeicherplätzevorhanden sind(Maximalwertesieheoben).Esistaberunbedingtdaraufzu achten,daßimmerêwechselweiseÇKoordinatenundBindungen "gemischt"werden! ë 1.7Radieneditieren ÇMangelangtineinenEditor(Beschreibungsieheunter "KOORDINATENEDITIEREN"),dereserlaubt,dievorhandeneListe derRadienzuerweiternbzw.zuverändern.DasElementsymbol"CA" stehtfürKohlenstoffinaromatischenRingen."CM"stehtfür KohlenstoffinMethyl-bzw.Methylengruppen.DieseUnterscheidung istnurbeivanderWaals-RadienvonBedeutung.AlleRadiensind inEinheitendesKoordinatensystemsanzugeben(i.A.Angström). ë1.8Radienspeichern Ç ZumSpeichernmußsichdieDiskettemitdemOrdner"MOLEKUEL"im Arbeitslaufwerkbefinden,dadieSpeicherungimmerindasFile "RADIEN.DAT"imOrdner"MOLEKUEL"erfolgt.IstderOrdnernicht vorhanden,sowirdFehlerNummer-34(Pfadnamenichtgefunden!) ausgegeben.DieseDateiwirdautomatischvomProgrammzuBeginn geladen,dasieallenotwendigenDatenfürdieDarstellungder Radienenthält.EntsprechendsorgfältigsolltedieseDatei gepflegtwerden!ë 2Inport ÇDadieAtomkoordinateni.A.ausRechnungenvonGroßrechnern stammen,sollteman,fallsdieMöglichkeitbesteht,dieDaten zwischenGroßrechnerunddemAtariSTüberdieRS-232-CSchnitt⑨ stelleaustauschen,umsichdasfehlerträchtigeEintippender Koordinatenersparen.FürgängigeRechenverfahrenwerdenfertige EinleseroutinenzurVerfügunggestellt.WeiterekönnenaufAn⑨ frageerstelltwerden. ë2.1MNDO-Datenladen Ç SolleineDateimitAtomkoordinatenauseinerMNDO-Rechnung geladenwerden,somußdieseDateifolgendenAufbauhaben: Zeile1Spalte1-80:NamedesMoleküls(Kommentar) Zeile2-nSymbolundKoordinatendesAtoms,wobeigilt: Spalte16-17:AtomsymboloderOrdnungszahlbis20 Spalte21-30:X-Koordinate Spalte31-40:Y-Koordinate Spalte41-50:Z-Koordinate Zeilen+1Spalte1-2:/* Zeilen+2Spalte1-2:// DasFormatderZeilen2bisnentsprichtdemAusgabeformatdes MOPAC-ProgrammsinderVersion2.00.DieZeilen1bzw.n+1und n+2sindvorher"vonHand"zuergänzen. ë2.2Ab-Initio-Datenladen ÇNochnichtimplementiert! ë 2.3Gauss80-Datenladen ÇNochnichtimplementiert! ë 3Grafik Ç ë3.1Zeigen Ç ZeigtdieletzteunterëBerechnenÇangezeigteoderzuletztgeladene Grafik. ë3.2Invertieren Ç InvertiertdieletzteunterëBerechnenÇangezeigteoderzuletzt geladeneGrafik. ë3.3Hardcopy ÇErzeugteineHardcopyderzuletztangezeigtenGrafik.Dazuwird dieHardcopyroutinedesBetriebsystemsbenutzt,dieallerdings 24-Nadel-Drucker(NECP6u.ä.)nurungenügendunterstützt.Bei VerwendungeinessolchenDruckersmußvorhereinentsprechender Druckertreibergeladenwerden.DieHardcopykanndanndurch DrückenderTastenkombination"ALTERNATE"+"HELP"erzeugtwer⑨ den. ë3.4Laden ÇLädteinezuvorabgespeicherteGrafikwiederein. ë 3.5Speichern Ç SpeichertdieletzteunterBerechnenangezeigteGrafikals Gesamtgrafikbildschirmab.MonochromeBilder(Extender".PI2") könnenmitmonochrom-arbeitendenGrafikprogrammenwiedergeladen undweiterbearbeitetwerden.BeiGrafikenmittlererAuflösung werdenkeineFarbinformationenmitabgespeichert.EineWeiter⑨ bearbeitungistz.B.mit"PAINTER.ST"vonDataBeckermöglich.  ë4Farben Ç DieserMenue-PunktkannnurbeimittlererAuflösungangewählt werden. ë4.1RGB-WerteeinstellenÇ ÜberdiesenMenue-PunktkönnendieFarbwertefürdieRot/Grün- DarstellunganeinevorhandeneRot/Grün-Brilleangepaßtwerden. Dazuwird-sofernvorhanden-die3D-Darstellung"FARBEN.DAT" geladen.DieRot-,Grün-undBlauanteilekönnenvariiertwerden. ë4.2RGB-Werteladen/speichern Ç EingestellteRGB-Wertekönnenwiedergeladenbzw.gespeichert werden.  ë5Menue_2/GrafikBerechnen Ç ManerhälteineneueMenue-Zeile,unterderalleParameterfür dieDarstellungdesMolekülsfestgelegtwerdenkönnen.Dieser Menuepunktkannerstangewähltwerden,wennKoordinatenëundÇ Bindungenvorhandensind(ladenodereingeben).Eserscheintdann einFeldfürdieAusgabederGrafik(ca.2/3desBildschirms)und einFeld,überdasverschiedenenumerischeParametereingestellt werdenkönnen. ë5.1Modi Ç ë5.1.1RotationumUrsprungs/aktuelleAchse Ç BeiderRotationumdieUrsprungsachsenwirddasMolekülumdie X,YoderZ-Achsegedreht.DieseAchsenliegenhorizontalbzw. vertikalimBeobachtungsraum.BeiderRotationumdieaktuelle AchsewirddiegewählteVerdrehungderX-bzwY-Achse(siehe unten)berücksichtigt.AlsDefaultistdieRotationumdie Ursprungsachsevoreingestellt.ë 5.1.2RotationumdieX,YoderZ-Achse ÇLegtfest,umwelchederdreiAchsengedrehtwerdensoll. Default:X-Achse. ë 5.1.3Projektion Ç BeisenkrechterProjektionwirddasMolekülohneVerzerrungen dargestellt.BeiperspektivischerProjektionwerdenObjektenahe amBetrachterstärkerverzerrtdargestelltalsObjekte,die weiterentferntsind(vergl.ëAbstandÇ).Default:senkrechtePro⑨ jektion. ë5.2Grafik 5.2.1Radien Ç Legtfest,obundwelcherRadiusamEndpunkteinerBindung dargestelltwerdensoll(nurbeisenkrechterProjektion). WerdendieRadiendargestellt,solltemanvorher"BINDUNGEN ZEICHNEN"desaktivieren.Default:keinRadius.  ë5.2.2Atomsymbol Ç Legtfest,obdasAtomsymbolmitausgegebenwerdensoll(nurbei senkrechterProjektion,nurwennRadiennichtdargestelltwer⑨ den!).Default:keinAtomsymbol. ë 5.2.3Atomnummer ÇGibtdieNummerdesAtomsgemäßderEingabetabelleaus(nurbei senkrechterProjektion,nurwennRadiennichtdargestelltwer⑨ den).Default:keineAtomnummer. ë5.2.4Achsenzeichnen Ç Legtfest,obdieAchsendesKoordinatensystemsmiteingezeichnet werdensollenodernicht.Default:nichteinzeichnen. ë5.2.5Bindungenzeichnen Ç Legtfest,obdieBindungenmiteingezeichnetwerdensollenoder nicht.Default:einzeichnen.  ë5.3Bilder 5.3.1Einzelbild/Bildfolge ÇBei"Einzelbild"wirdnureinMoleküldargestellt.Beider BildfolgewirddasMolekülumdiedurchëModusÇfestgelegteAchse gedreht(vergl.auchëAnzahlderBilderÇundëWinkelÇ).Default: Einzelbild. ë5.3.2Bildgröße ÇMit1/1BildwirddiegesamtezurVerfügungstehendeFlächefür dieDarstellungbenutzt.Bei4/4BildernwerdenvierBilder erzeugt,dieumjeweils90GradinX-,inY-bzwinX-undY- Richtunggegeneinanderverdrehtsind.Default:1/1Bild. ë5.3.3FarbigesStereobild Ç DieserMenue-PunktkannnurbeimittlererAuflösungangewählt werden.EswerdenzweiBildergezeichnet,dieumdenunterPunkt 5.5.7festgelegtenWinkelgegeneinanderversetztsind.MitHilfe einerRot/Grün-BrilleerhältmaneineräumlicheDarstellung (gegebenenfallsRGB-AnteileandievorhandeneBrilleanpassen, siehe3.1!).Eswirdimmernurein1/1Bilddargestellt.  ë5.4Maßstab ÇLegtfest,obdieGrößederDarstellungautomatischodermanuell bestimmtwerdensoll.Default:automatisch.  ë5.5EinstellungdernumerischenParameter ÇDienumerischenWertekönnendurchAnklickendeszugehörigen Pfeilsnachlinksverringert,durchdenPfeilnachrechtserhöht werden.DrücktmandabeidielinkeMaustaste,erfolgtdie ÄnderunginEiner-Schritten.Drücktmandagegendierechte Maustaste,erfolgtdieÄnderunginZehner-Schritten. ë5.5.1Bilder ÇGibtdieAnzahlderBilderan,diebeieinerBildfolgeberechnet werdensollen.DerMaximalwertistabhängigvomvorhandenen freienSpeicher.DieAnzahlderBilderbestimmtdenDrehwinkel. DerDefaultwertentsprichtdemMaximalwert. ë5.5.2Drehwinkel Ç Gibtan,umwievielGraddasMolekülbeieinerBildfolge weitergedrehtwird.DerMinimalwertistabhängigvomvorhandenen freienSpeicher.DerDrehwinkelbestimmtdieAnzahlderBilder. DerDefaultwertentsprichtdemkleinstmöglichenDrehwinkel. ë 5.5.3DrehungumX/Y ÇLegtfest,umwievielGraddasMolekülimRaumgedrehtdarge⑨ stelltwerdensoll.Defaultwertjeweils0. ë5.5.4GrößeinPixeln Ç LegtdiehalbeGrößederGrafikinPixelnfest.Wirktauch,wenn derMaßstabautomatischberechnetwird.Defaultwertist150. ë5.5.5Abstand Ç BestimmtdenAbstanddesBetrachtersvomObjekt(nurbeiperspek⑨ tivischerProjektion).Defaultwertist16. ë5.5.6Einheit ÇLegtfest,wievielePixeleinerEinheitimKoordinatensystem entsprechen.EineÄnderungdiesesWerteswirktsichnuraus,wenn dieBestimmungdesMaßstabsmanuellerfolgt.Defaultwertist40. ë5.5.7StereobildDifferenz ÇLegtfest,umwievielGradsichdiebeidenStereobildervoneinan⑨ derunterscheiden.DieAngabeerfolgtin1/10Grad.Defaultwert: 25entsprechend2.5Grad. ë5.5.8ZeigeBild Ç ErmöglichtdasbildweiseWeiterschaltenderBildfolge,sofern zuvoreineBildfolgeberechnetwordenist. ë5.5.9Geschwindigkeit ÇVerändertdieDrehgeschwingkeiteinesMolekülsineinerBild⑨ folge.Defaultwertist16(Maximum). ë5.5.10Start Ç StartetdieBerechnungdesMolekülsbzw.zeigteinebereits berechneteBildfolge.AlleVorgängewieBerechnenoderZeigen könnendurchDrückenderërechtenÇMaustastebeendetwerden. ë5.5.10ZumMenue Ç KehrtzumHauptmenuezurück. Änderungenvorbehalten!